La misión de IMDEA Agua consiste en llevar a cabo una investigación científica revisada por expertos que dirija cuestiones clave, haga avanzar el entendimiento, informe de decisiones y dé forma a las políticas concernientes a los recursos del agua, tanto en la región como más allá de ésta. El Instituto sirve de catalizador a la investigación interdisciplinaria, uniendo la experiencia y la habilidad de un amplio abanico de disciplinas, como son la científica, la de recursos naturales, la ingeniería o la política. Nuestra investigación se centra en los aspectos científicos y sociales del agua (demanda y abastecimiento; calidad y cantidad; características físicas, químicas y biológicas; variabilidad temporal y espacial; líneas divisorias de las aguas; y consideraciones económicas, ecológicas y de equidad). IMDEA Agua integra investigación con educación, uniendo de este modo a los investigadores, los estudiantes, los profesionales y el público en un esfuerzo colaborador a la hora de solucionar problemas.
El Instituto debe proporcionar a los responsables de la gestión del agua y a los de la toma de decisiones el conocimiento y las soluciones necesarias para encarar las incertidumbres relativas al futuro de nuestra agua.