Motivación
La Comunidad de Madrid se encuentra en una situación inmejorable para consolidar su posición como referente nacional e internacional en la gestión integral del agua a través de un proyecto de excelencia científica e impacto tecnológico como es IMDEA Agua.
Un área tan multidisciplinar como es el agua no sólo debe generar innovación por sí misma, sino que debe ser dinamizadora de otros sectores como el de materiales, bienes de equipo y TIC, por citar algunos. Sin duda, el Instituto debe canalizar los esfuerzos encaminados a la creación de tecnología, a la dinamización del sector y de las actividades de otros sectores relacionados con éste.
Enfoque Multidisciplinar
En el entorno investigador de la Comunidad de Madrid existen grupos de investigación, pertenecientes a diferentes organismos públicos, que desde varias áreas de conocimiento centran su investigación en la calidad de los recursos hídricos y en el tratamiento y gestión de las aguas residuales. Además está el equipo TRAGUA (Tratamiento y Reutilización de AGUA), formado por más de 200 investigadores en su mayoría doctores.
Las principales áreas científicas desde las que se aborda dicha investigación son: Tecnologías de protección de la contaminación; Ecotoxicología; Biotecnología; Hidrología; Hidrogeología; Agricultura; Ingeniería Química; Microbiología; Bioquímica; Química; Ciclos Biogeoquímicos; Ecología.
Este Instituto debe incorporar a todos los grupos de los centros dedicados a I+D en agua de la Comunidad de Madrid, a los laboratorios de la Red de Laboratorios del Sistema Madri+d que disponen de equipamiento utilizable, a las empresas de abastecimiento, de depuración, de bienes de equipo y de proyectos de ingeniería, y a otros centros y empresas de fuera de nuestra región que pudieran realizar aportaciones de interés.
Objetivos
Se ha realizado un PLAN ESTRATÉGICO para IMDEA Agua, basado en un modelo de gestión 3D, formado por diferentes comunidades de expertos que, unidos entre sí, sean capaces de generar un modelo de institución sostenible, solidaria y rentable. 
- Crear un referente internacional en la gestión comercial de la investigación, de la innovación y del mercado, especialmente diseñado para las tecnologías relacionadas con el agua.
- El desarrollo integral de la plataforma de conocimiento, tanto a nivel humano, como a nivel tecnológico, como el modelo de gestión 3D, tratan de conseguir un equipo coordinado humana, tecnológica y comercialmente en todas las actuaciones y proyectos que realice.
- Saber gestionar correctamente la cartera de proyectos de investigación, de innovación y de servicios, de manera que las exigencias de cortos períodos de retorno de la inversión no sacrifiquen el crecimiento a medio y largo plazo que puede tener el IMDEA tanto con otros proyectos de I+D+i, como con otras actividades en las que, por su carácter de servicio público, no se persigue preferentemente el beneficio.
De manera paralela se llevarán a cabo las actividades necesarias para que el resultado de las acciones científico técnicas tenga beneficios prácticos. Estas actividades se pueden dividir en cuatro grandes ámbitos: demostración, transferencia, difusión y formación.