El programa científico del Instituto está basado en el desarrollo de cuatro líneas estratégicas fundamentales para la gestión integral del agua:
Gestión Sostenible de las Masas de Agua
Hidrogeología
- Modelos hidrogeológicos
- Calidad y contaminación de aguas subterráneas
- Recarga de acuíferos
- Agua y minería
Ecosistemas acuáticos
- Ecotoxicología
- Indicadores biológicos
- Cianobacterias
Patrimonio hidráulico
Eventos extremos
Agua y paisaje
Calidad y Contaminación
- Objetivos de calidad química y biológica
- Métodos analíticos no convencionales
- Contaminantes emergentes químicos y biológicos
Tratamiento y Reutilización del Agua
Se consideran tres campos principales de investigación en términos de tratamiento y reutilización de agua: agua potable, tratamiento de aguas residuales urbanas e industriales, y reutilización de agua regenerada.
Agua potable
- Tecnologías de tratamiento. Desalación
- Detección y eliminación de microcontaminantes
Tratamiento de aguas residuales urbanas e industriales
- Procesos biológicos y fisicoquímicos.
- Tecnología de membranas
- Procesos avanzados de tratamiento
Reutilización de agua
- Soluciones basadas en la naturaleza

Análisis Económico e Institucional
Análisis del diseño y la ejecución de instrumentos económicos para la gestión sostenible del agua
- Comportamiento (individual/colectivo) de los agentes económicos.
- Instrumentos económicos (precios, mercados de derechos, mecanismos de gestión del riesgo y basados en cooperación)
Gestión integrada de recursos hídricos: dimensiones económicas
- Economía ambiental y de los recursos naturales
- Adaptación al cambio climático y reducción del riesgo de desastres
- Nexo agua-energía-alimentación-biodiversidad-clima
- Análisis/modelos hidro-económicos y priorización de inversiones
- Impacto de la regulación y vínculo política de agua-desempeño macroeconómico
- Análisis: coste-beneficio, coste-eficacia, recuperación de costes. Nuevas teorías de toma de decisiones
- Modelos integrados de evaluación (sistemas socio-ecológicos) y valoración económica de servicios ecosistémicos
Regulación económica del ciclo urbano del agua
Gobernanza del agua